Nella sua prima stagione al Napoli, nell’89/90, segna solo due gol ma, entrambi, storici per i partenopei. Il primo, al Bologna, è il gol n. 3.000 nella storia del Napoli, il secondo, all’ultima giornata, contro la Lazio regala la vittoria del secondo scudetto degli azzurri. Marco Baroni è un difensore di spessore che emerge nelle giovanili della Fiorentina che lo fa esordire in serie A. Una sola presenza nell’82 e il grosso rammarico di non essere riuscito a conquistare un posto da titolare nella squadra della sua città natale. La prima grande occasione è a Roma nell’ 86/87. Nonostante 19 presenze non viene riconfermato e ceduto in serie B al Lecce di Carletto Mazzone. Con i salentini del vulcanico allenatore romano, Baroni fa il suo salto di qualità. Conquista, da titolare, la promozione in serie A. Con i giallorossi segna anche il suo primo gol in serie A proprio al Napoli che di li a poco entrerà nel suo destino. Bigon, nell’estate dell’89, lo sceglie per presidiare l’area. Con 33 presenze (le stesse di Ferrara) contribuisce, da inamovibile titolare, alla vittoria del secondo Scudetto dei partenopei. Il 29 aprile 1990 al 7° segna il gol che sancisce lo scudetto e la foto della sua esultanza diventa il simbolo del contributo “operaio” a quello strameritato scudetto. Il 1 settembre 90 arriva anche la Supercoppa Italiana. Il Napoli batte la Juve con un sonoro 5 a1. Nel 90/91 il Napoli si ridimensiona ed è solo ottavo. L’errore di Baroni ai rigori contro i russi dello Spartak Mosca costa al Napoli l’eliminazione, agli ottavi, dalla Coppa dei Campioni.
Viene ceduto al Bologna in piena crisi societaria, poi una rapida discesa di categorie fino a tornare a Firenze alla Rondinelle dove vince il Campionato Dilettanti nel 99.
Dall’85 al 90, Baroni ha giocato anche 16 partite nella Nazionale Under-21. Nel 1986 l’Italia perde ai rigori con la Spagna la finale dell’Europeo di categoria. Anche in questa occasione Baroni sbaglia uno dei rigori ma non è il solo perché sbagliano anche Giannini e Desideri.
Nel 2000 comincia la sua carriera di allenatore senza grandi successi. Nel 2009 allena anche, per 3 partite, il Siena in serie A. Nel 2011 diventa allenatore della Primavera della Juventus. Nel 2012 vince il Torneo di Viareggio e nel 2013 si aggiudica la Coppa Italia Primavera.
Ritenta come allenatore e dopo qualche esonero prematuro, porta ai play-off il Novara nel 2016.
L’arrivo a Benevento coincide con la pagina più importante della storia della squadra sannita: la prima promozione in serie A. Marco Baron , pragmatico e perfezionista, ha il merito di aver trasformato un manipolo di buoni giocatori (senza eccellenze) in una squadra vera, capace di produrre un calcio efficace.
Marco Baroni è stato un ottimo difensore che ha segnato pochi gol (anche se importanti) e, in due occasioni ha sbagliato due calci di rigore (contro Spartak e Spagna) che forse avrebbero cambiato la sua carriera.