È morto a 43 anni nel marzo del 2012. La domenica successiva giocarono con il lutto al braccio sia il Pescara che il Bari impegnate in uno scontro diretto (fatto forse unico). Anche il Foggia scese in campo portando sul braccio il segno del profondo dolore per la prematura scomparsa di uno dei protagonisti della storia calcistica della compagine pugliese. Sembra paradossale cominciare la narrazione della sua parabola calcistica partendo dal tragico epilogo, ma l’entità della commozione suscitata dalla sua scomparsa aiuta a capire che Francesco Mancini è stato “bandiera” in ogni squadra in cui ha giocato. Nel 1987 passa al Foggia e, dopo una annata da riserva, con l’arrivo in puglia del profetico Zeman diventa tra i protagonisti della favola di “Zemanlandia”. Per il tecnico boemo, Mancini è il portiere ideale per i suoi schemi, per la sua duttilità in porta e con i piedi. Una volta, giornalisticamente, il portiere veniva definito “estremo difensore” e Mancini difensore lo era sul serio. Non si limitava al ruolo di portiere ma partecipava attivamente “alla manovra”. Gli schemi di Zeman portavano le sue squadre a situazioni di evidente sbilanciamento e Mancini spesso si trovava solo a fronteggiare da solo l’avversario. Proverbiali le sue uscite da “libero” a spazzare quando la “trappola” del fuorigioco non funzionava ma, il suo doversi posizionare quasi al limite della sua area, spesso lo esponeva a situazioni complicate da sbrogliare. Quelli che sembravano suoi errori individuali erano invece il prezzo da pagare alla spregiudicatezza degli schemi zemaniani.
In Roma-Foggia della stagione 1994-1995, Francesco Totti segna a Mancini la sua prima rete in Serie A.
Passa dal Foggia al Bari (in mezzo una brevissima parentesi alla Lazio…di Zeman) e anche con i “galletti” diventa protagonista di ottime annate in serie A. Nel 2000, il passaggio al Napoli, voluto da Zeman (subito esonerato). Gioca poco ed è retrocessione, poi due anni di B da titolare con De Canio. In totale una ottantina di presenze in un periodo buio del calcio partenopeo targato Corbelli.
A fine carriera Zeman lo vuole nel suo staff sia a Foggia che a Pescara. Nessuno come Francesco Mancini può insegnare ai portieri come esserlo negli schemi di Zeman.
Il 19 aprile 2012 gli è stata intitolata la curva nord dello stadio Pino Zaccheria di Foggia. Anche Matera (la sua città natale) gli ha dedicato la gradinata dello stadio.
Il grande Zeman gli aveva dato la notorietà del grande calcio italiano, Francesco lo ha ripagato con impegno e duttilità. Il boema lo ricorda con affetto quasi paterno.